Per il loro secondo album gli Incubus non solo firmano con una major, ma ricevono anche completa carta bianca dalla produzione. Questo vantaggio permette ai cinque (nel frattempo è entrato a pieno titolo nella formazione anche il turntablist Gavin Koppel aka DJ Lyfe) di sbizzarrirsi nella ricerca del sound più personale ed originale possibile. Il disco che ne risulta, S.C.I.E.N.C.E. (acronimo in realtà senza alcun significato ufficiale), viene composto e registrato in appena 6 settimane, e resterà negli anni sicuramente il più esplosivo e frizzante della loro carriera.

Il disco è caratterizzato da un perfetto matrimonio tra gusto melodico (voce e chitarre), esplosioni funk (il basso di Alex Katunich aka Dirk Lance), ritmiche anarchiche (il drumming frenetico amalgamato agli scratch), ed una potenza chitarristica (quando Einziger induge sul riffing distorto) che supera in potenza tutti gli act funk-rock a loro contemporanei, andando così a creare una nuova "ala" musicale a metà strada tra il funk-rock "classico" (Primus, Red Hot Chili Peppers, Faith No More) ed i suoi estremi heavy (il rapcore dei Rage Against the Machine, il nu-metal di Korn e Deftones, il crossover-rock anarchico e urlato degli Snot).
Le prime tre tracce sono il manifesto dell'album: Redefine, un pastiche di funk giovanile e scanzonato (i contrasti tra sezione ritmica e chitarre delle strofe, l'esplosione di basso a metà traccia) e rock graffiante (il chorus con scratch e chitarre distorte in primo piano); Vitamin, un contrasto tra strofe in voce mormorata ed esplosione melodica su riffing chitarristico "pieno" e groovy, con alcuni tocchi che ricorreranno lungo tutto il disco (e torneranno anche in quello successivo), come le percussioni (suonate da Boyd con uno djembe) e le raffinatezze ritmiche (lo stacco in 6/8 a due terzi della traccia); New Skin, con un chorus eccezionale (melodia vocale indovinatissima, riffing chitarristico travolgente).
Ma la band non si limita a sparare tutte le cartucce nei pezzi d'apertura.
Idiot Box regala un'altra ottima prova melodica alla voce, e perfeziona ulteriormente il contrasto (stavolta molto più classico e meno esplosivo) tra strofe e chorus; Glass riporta il disco a ritmiche fenetiche; Magic Medicine è una strumentale guidata interamente dal turntable atmosferico di Koppel e dal basso soffuso di Lance.
Tuttavia è a metà dell'album che si torna ai livelli qualitativi dell'apertura: A Certain Shade of Green è forse il pezzo più travolgente e frenetico del disco, sia nelle strofe (con un'esplosiva sezione ritmica) che nel chorus (ancora un'azzeccatissima unione tra violenza sonora e melodia); Favorite Things è un altro episodio coinvolgente da capo a coda, con un susseguirsi di esplosioni chitarristiche, drumming frenetico, melodie vocali raffinate (influenzate tanto dall'onirica Björk quanto da Mike Patton); Summer Romance (Anti-Gravity Love Song) è una ballata smooth-jazz guidata da melodie vocali soffuse, battiti campionati, drumming funk con influenze latine, e sassofono (suonato da Jeremy Wasser).
L'album si chiude con Nebula (che contiene alcune delle sfuriate più aggressive del disco), Deep Inside (un altro episodio jazzato, stavolta contaminato con esplosioni distorte in toccata e fuga e parti chitarristiche dal sapore zappiano), e Calgone (traccia crossover-rock ricalcante la formula di Idiot Box), con a seguire uno stream of consciousness di 10 minuti in cui si odono discorsi bizzarri, sequenze al turntable (che alternano drum'n'bass, trip-hop e jazz), e motivetti demenziali.

Nonostante gli evidenti debiti alla base della loro formula (in particolare sono costantemente palpabili i fantasmi di Primus e Faith No More -di questi ultimi in particolare l'album King for a Day del 1995- nonché, negli accenni più violenti, dei Korn), con S.C.I.E.N.C.E. gli Incubus coniano uno stile di crossover-rock giovanile, divertito, ma allo stesso tempo aggressivo e vincente nelle sue invenzioni melodiche (specie vocali) e stilistiche (specie l'utilizzo del turntablism e le creative chitarre di Einziger).
Il disco influenzerà tutte le band crossover-rock a loro contemporanee, e forse i più ispirati dall'album saranno i Limp Bizkit.