Quando nel 2008 i Cynic erano tornati sulla scena musicale, i mondi del metal estremo e del progressive metal ricevettero una scossa quasi al pari di quella che Focus diede loro nel 1993, con il suo inedito e raffinatissimo cross-over di death metal e jazz-rock; nonostante la prima frangia di ascoltatori fosse rimasta parzialmente delusa dal risultato dell'operazione, Traced in Air fece conquistare al gruppo una nuova schiera di fan, perlopiù provenienti dal panorama progressive metal.
L'enorme hype che si era creato con la reunion dei Cynic, con i loro nuovi tour e con il loro secondo disco, quindi, aveva reso inevitabile un imminente ritorno discografico del gruppo, come aveva dimostrato anche l'EP Re-Traced del 2010 (una sorvolabile raccolta di pezzi remixati da Traced in Air, più un brano inedito). Ricostituita quindi la line-up classica (Paul Masvidal alla voce e chitarra, Sean Malone al basso e Sean Reinert alla batteria, con contributi vocali femminili della cantautrice Amy Correia), l'11 novembre 2011 viene pubblicato un secondo EP, Carbon-Based Anatomy, che rappresenta la realizzazione di tutte le aspettative che si erano create intorno al gruppo nonché - per la terza volta consecutiva - una produzione discografica destinata a spiazzare e dividere gli ascoltatori.
Carbon-Based Anatomy, infatti, ha perso definitivamente i connotati metal che erano alla base del tessuto sonoro innovativo di Focus e che ancora costruivano un elemento importante di Traced in Air. Al loro posto si ritrova invece un tappeto musicale fumoso e spirituale, che riflette non solo i molteplici side-project che i vari membri dei Cynic hanno intrapreso nel corso degli anni (in particolar modo la fusion meditativa dei Portal e il rock etereo degli Æon Spoke), ma anche la filosofia mistica di Paul Masivdal, cui si devono gran parte delle scelte musicali e compositive dei Cynic, nonché vero e proprio "guru" per molti suoi fan.

Per quanto in linea teorica questo ennesimo cambio di rotta possa sembrare una coraggiosa scelta da parte del gruppo, in realtà Carbon-Based Anatomy si rivela come un fallito tentativo dei Cynic di rinnovare il loro sound. Seppur rappresentando un netto passo indietro rispetto ai fasti rivoluzionari di Focus, indulgendo troppo in certe velleità intellettuali care al progressive metal attuale, Traced in Air conteneva ancora degli elementi che mostravano un'intelligenza musicale ben sopra la media degli standard del metal recente; in questo EP, invece, la band si imbarca definitivamente nel pretenzioso concentrato di austerità mistiche e meditabonde già abbozzato nel full-length precedente, correggendo il sound del metal dei Cynic con le riflessioni più religiose e ascetiche del loro frontman. Solo le fluide e repentine ritmiche di batteria di Reinert mantengono una continuità con il progressive metal precedente: il growl e il riffing più duro che ancora venivano mantenuti in Traced in Air vengono qui definitivamente estirpati, in favore di un canto pulito più fragile e intimista e di arpeggi chitarristici leggeri e celestiali (che di tanto in tanto si abbandonano ad assoli tecnicamente sofisticati che però risultano estremamente incoerenti rispetto alle atmosfere estremamente delicate che compongono l'EP).

I tre brani di Carbon-Based Anatomy (Carbon-Based Anatomy, Box Up My Bones e Elves Beam Out) galleggiano così in un limbo privo di qualsivoglia guizzo compositivo, in un assemblaggio di riff cristallini e atmosfere trascendentali che sembrano voler fare il verso allo spiritualismo del dream-pop e della new age, disturbate di tanto in tanto dalla distorsione delle chitarre (che intervengono in modo inappropriato e forzato il più delle volte). Tra questi pezzi maggiori, però, sono interposte altrettante parentesi ambient (Amidst the Coals, Bija! e Hieroglyph) dal valore puramente riempitivo, che sembrano voler esaltare l'ideologia ascetica di Masvidal piuttosto che rappresentare qualcosa di interessante dal punto di vista musicale.
I Cynic si stanno avvicinando sempre più pericolosamente ai mediocri Æon Spoke (non a caso la title-track è un rimaneggiamento di Homosapien, pubblicata nel 2000 dagli stessi Æon Spoke), da cui ormai si differenziano solo per la presenza di una straripante base ritmica che però non basta a mantenere il miracoloso equilibrio tra raffinatezze filosofiche, esuberanza tecnica e pesantezza metal presente in Focus e, in misura molto minore, in Traced in Air: se prima l'elemento spirituale costituiva solamente una componente della musica dei Cynic, ora Masvidal la sta rendendo la caratteristica principale (se non unica) della loro opera.