Senza più il motore avanguardista John Cale (mente principale dietro al calderone innovativo ed estremo di White Light/White Heat), cacciato e rimpiazzato con Doug Yule dal leader Lou Reed, i The Velvet Underground seguono il volere di Reed nell'aprirsi maggiormente al mercato musicale con un lavoro più melodico e orecchiabile.
Tra novembre e dicembre 1968, poco dopo l'estromissione di Cale, viene così registrato l'omonimo album The Velvet Underground, pubblicato poi nel marzo 1969 sotto la MGM (con poi varie ri-edizioni sotto la sussidiaria Verve).
L'album viene prodotto con due mix differenti, l'ufficiale "Valentin mix" (quello che sarà presente nella maggior parte delle copie) e il "Closet mix" fatto da Reed (più ovattato ma non voluto dalla produzione, finirà nella prima versione USA per errore).

Se da una parte è certamente apprezzabile il riuscito cambiamento stilistico piuttosto che il ristagno, dall'altra è decisamente frustrante sentire i componenti che auto-frenano i propri potenzialmente anarchici voli creativi; inoltre, in questo nuovo contesto, seppur Reed e Yule sembrino perfettamente a loro agio, lo stesso non si può dire di Maureen Tucker e Sterling Morrison, troppo spesso relegati ad accompagnamento spersonalizzato, dando l'impressione di poter essere sostituibili con chiunque.
L'elemento che più di tutti blocca in qualità il songwriting è, assieme a tale auto-frenatura generale, il leggero senso di déjà vu che danno un po' tutte le melodie, cosa che non accadeva affatto nelle precedenti release, viste le pesanti riletture stilistiche e umorali alle quali venivano sottoposte.
Il disco si muove sulle corde del folk-rock e del blues-rock, contaminandolo a tratti con forti elementi psichedelici (ma non barocchi), e rileggendo tali generi popolari attraverso una pregevole eleganza: il folk-pop Candy Says, una sorta di spleen delicato e riverberato lontanamente associabile a una Femme Fatale od una I'll Be Your Mirror, è l'opener che introduce What Goes On (un blues-rock psichedelico sulla scia di The Doors e The Rolling Stones, guidato da tappeti d'organo e caratterizzato da una divagazione chitarristica ultra-distorta) e lo scarno blues depresso Some Kinda Love (una sorta di racconto biascicato e in semi-stream of consciousness come da tradizione blues, accompagnato da percussive stecche a batteria e chitarra), prima di far tornare un  delicato spleen melodico folk-pop nelle distese e malinconiche Pale Blue Eyes e Jesus.
Forse è più interessante la seconda metà dell'album, con il vibrante e sporco blues-rock Beginning to See the Light (spezzato da un chorus a metà tra il Merseybeat e il freak alla Frank Zappa, che stempera improvvisamente i toni), la pausa riflessiva e onirica I'm Set Free (non solo con chitarre riverberate ed echeggianti che anticipano le evoluzioni di David Gilmour nei Pink Floyd, ma anche con Maureen Tucker al suo ruolo più congeniale di percussionista), il breve psych-folk-pop That's the Story of My Life, ma soprattutto il capolavoro del disco The Murder Mystery (una nuova allucinata seduta psicanalitica, lunga 9 minuti e continuamente spezzata tra tribalismi, progressioni armoniche thriller, sovrapposizioni vocali zappiane, leggiadre parentesi di voci femminili, psichedelici accompagnamenti d'organo, per finire con una rincorsa presa da un tema al pianoforte sul quale si sovrappongono via via più elementi, alcuni dei quali caotici e dissonanti, sino al fade-out conclusivo).
Il finale è comunque ironicamente affidato ad After Hours, un breve folk innocente e minimale, canticchiato da Maureen Tucker.

Ironia della sorte, la band non riuscirà a sfondare nemmeno con tale svolta commerciale, e così verso il tardo 1969 verrà messa sulla lista nera dei nomi da eliminare dalla MGM per risanarla economicamente (per mano del nuovo presidente Mike Curb, che eliminerà anche nomi come Frank Zappa e Eric Burdon).
Nel frattempo, i The Velvet Underground avevano registrato un live nell'ottobre del 1969, e una serie di nuove tracce per un nuovo album: entrambi i progetti verranno così abortiti, e vedranno la luce postumi.