Tre anni dopo la pubblicazione del convincente Mer de Noms (2000), gli A Perfect Circle tornano con un album strepitoso, forse il disco metal/rock dell'anno...anche se con il metal vero e proprio ha poco a che fare.
Si tratta di Thirteenth Step e qui si nota la grande genialità di Billy Howerdel (Tool) e dei nuovi componenti della band; due infatti i cambi di line-up: Jeordie White (ex Marilyn Manson) al basso, che sostituisce Paz Lenchantin, e James Iha alla chitarra al posto di Troy Van Leeuwen.
I due musicisti che hanno lasciato la band, hanno però collaborato alla stesura dei brani, arricchendoli con le proprie idee musicali e costruendo insieme un lavoro sorprendente.
Rimangono sia il batterista, Josh Freese, sia il cantante, l'eccezionale Maynard James Keenan, mente dei Tool e ideatore del progetto A Perfect Circle.

Thirteenth Step è difficilissimo da commentare, per l'estrema complessità delle sue parti; è costituito da dodici canzoni splendide e riflessive, che danno vita ad un Alternative Rock diverso da Mer de Noms, e sicuramente di livello superiore.
Da segnalare l'originale booklet curato da Keenan in persona: i testi delle canzoni non sono riportati, come anche nell'opera precedente, ma compaiono simboli strani e inusuali con una foresta come sfondo; qui si ergono due figure, una donna nuda e quasi albina, in piedi tra un cespuglio di felci, e una lumaca gialla con due cornini neri, che rende il significato dell'album oscuro e misterioso.
I testi dei brani parlano di persone scomparse e nel booklet stesso si possono ritrovare i nomi dei defunti a cui Thirteenth Step è dedicato...quindi nulla è lasciato al caso, ma è prefissato e stabilito nei minimi particolari.

L'esordio è affidato a The Package, lungo pezzo di quasi otto minuti, che si apre con le note di chitarra suonate dolcemente su un tempo dispari; esso rimane soffocato per metà della sua durata, con tamburi e voce a disegnare un ritmo e una melodia unici, per poi esplodere e far rivivere all'ascoltatore l'aggressività delle chitarre di Mer de Noms.
La traccia migliore del disco è sicuramente il singolo che ha anticipato di un mese l'uscita dello stesso full-lenght: è Weak and Powerless, disegnata da un basso e da una chitarra al tempo stesso espressivi e potenti; la voce di Maynard raggiunge livelli altissimi e il ritornello rimane immediatamente impresso nella memoria.
The Noose è silenziosa e delicata e affronta un crescendo di sonorità giungendo ad un finale intenso e più movimentato: nella canzone si percepiscono parti di tastiera e sintetizzatore ed efficaci sono le voci che si intrecciano perfettamente e rendono la composizione valida e trascinante.

Blue gioca con gli splendidi effetti della chitarra e della voce di Keenan, abbellita da cori di sottofondo nel ritornello, tutt'altro che banale nel suo stile non solo connesso all'Alternative Rock.
La presenza della tastiera si nota anche nella traccia seguente, la quinta Vanishing, contraddistinta da un sound vocale veramente originale; A Stranger si può definire un brano normale, dove un arpeggio di chitarra accompagna l'ascoltatore in tre minuti di profondo sollievo, garantito da alcuni violini suggestivi.
Con The Outsider ritornano le influenze di Tool e Smashing Pumpkins; di questa canzone successivamente all'uscita dell'album è stato girato il video, proprio perché pezzo aggressivo e potente, con riffs coinvolgenti e voce incisiva.
Crimes è una strumentale di due minuti e mezzo, in cui si percipescono le parole e i numeri sussurrati da Maynard; la traccia rappresenta una rottura con le precedenti, creando la giusta atmosfera per introdurre la dolce e sensibile The Nurse who Loved Me.

Il sound dei brani introduttivi viene rivisitato dalla decima e imponente Pet, che fa compredere come Thirteenth Step riesca a far variare tutte le sue componenti; a tratti la melodia lascia spazio alle chitarre distorte con un riff tutto nuovo.
La lenta Lullaby e la sognante Gravity chiudono poi con una complessa semplicità un album difficile da capire a fondo, poiché solo dopo molti ascolti si può intendere il vero significato di un'opera congegnata in tutte le sue parti e sicuramente non casuale, un'opera che fa ben sperare per un'ulteriore svolta evolutiva per una band formata da due geni della composizione, quali Keenan e Howerdel.