La sublimazione della filosofia dei Marilyn Manson viene compiuta con il secondo full-length Antichrist Superstar, edito nel 1996 ancora una volta con il supporto della Nothing Records di Trent Reznor.
Il disco è un concept-album, e si articola in tre cicli distinti (The Heirophant comprende le prime 3 tracce, Inauguration of the Worm le successive 7, Disintegrator Rising le ultime 5 più la nascosta traccia 99). La storia narrata è quella di un uomo, The Worm, che subisce sofferenze di ogni tipo, ma in seguito ad una serie di fortuiti eventi riesce a diventare una famosa rockstar. Conquistato tale status, subisce una trasformazione in The Disintegrator.
La storia è una metafora del Male, con un Anticristo che nasce dall'efferatezza del sistema mediatico, il quale sfrutta l'efferatezza della musica rock, la quale a sua volta nasce dall'efferatezza della vita quotidiana, in una viziosa catena causa-effetto.
Per rendere lampante il fatto che il Male sia ciclico ed eterno, anche l'album è ciclico, aprendosi e chiudendosi con la frase-manifesto "When you are suffering, know that I have betrayed you", e ad ogni nuovo inizio nasce un altro "Antichrist Superstar" (la struttura ciclica come metafora rimanda direttamente a The Wall dei Pink Floyd).

Il sound e il songwriting sono diventati più "catchy", ma non meno efferati. Esplosioni come Irresponsible Hate Anthem ("Everybody's someone else's nigger, I know you are so am I. I wasn't born with enough middle fingers, I don't need to choose a side. I better not say this, better not tell. I hate the hater, I'd rape the raper, I am the idiot who will not be himself. Fuck it") o Little Horn ("The world spreads its legs for another star, world shows its face for another scar. Dead will dance for what is left, the worms will wait with baited breath. Your blind have now become my deaf, so says this little horn") sono degne dei Ministry più cruenti, mentre la tagliente e caustica The Beautiful People conia una formula vincente su tutti i piani: percussioni, ritmiche robotiche, voce prima sussurrata e poi lacerata, synth decadenti, liriche che sputano veleno sulla società ("The horrible people, the horrible people. It's as anatomic as the size of your steeple. Capitalism has made it this way, old-fashioned fascism will take it away. Hey you, what do you see? Something beautiful, something free? Hey you, are you trying to be mean? If you live with apes man, it's hard to be clean. There's no time to discriminate, hate every motherfucker that's in your way").
Pezzi come la paranoica Tourniquet ("Take your hatred out on me, make your victim my head; you never ever believed in me, I am your tourniquet. Prosthetic synthesis with butterfly sealed up with virgin stitch; if it hurts, baby please tell me, preserve the innocence; I never wanted it to end like this, but flies will lay their eggs") o l'amara Man That You Fear ("The boy that you loved is the man that you fear; peel off all those eyes and crawl into the dark, you've poisoned all of your children to camouflage your scars. Pray unto the splinters, pray unto your fear; pray your life was just a dream, the cut that never heals. Pray now baby, pray your life was just a dream. The world in my hands, there's no one left to hear you scream, there's no one left for you") violentano la forma della ballad in una pioggia di decadenza e cupezza (il pessimismo della presa di coscienza del proprio Io malvagio e del fatto che esso rifletta semplicemente l'inevitabile sfascio del mondo circostante).
L'ottima Cryptorchid è una vera e propria poesia che riassume un intero immaginario industriale e metafisico (ed è proprio qui che Manson è grande, nel coniugare la nevrosi metropolitana allo spaccato sociale ma anche alla ribellione metafisica, come nei migliori Nine Inch Nails); Mister Superstar ("Hey mr. superstar, I'll kill myself for you. Hey mr. superstar, I'll kill you if I can't have you") e Angel with the Scabbed Wings ("You don't want to see him, you only want to be him. Mommy's got a scarecrow, gotta let the corn grow. Man can't always reap what he sow. He is the maker, he is the taker; he is the saviour, he is the raper") sono altri due memorabili anthem (più perverso il primo, più furibondo il secondo).
Ma il manifesto totale dell'opera è la title-track, che riassume in sé tutti gli elementi più d'impatto del disco (impasti industriali, chitarre distorte e meccaniche, synth decadenti, voci filtrate all'inverosimile, mood degno dei peggiori serial killer), riprende la frase-simbolo di Cryptorchid ("Prick your finger it is done. The moon has now eclipsed the sun. The angel has spread its wings. The time has come for bitter things") e la amplifica con un chorus dall'epico auto-proclama ("Cut the head off, grows back hard. I am the hydra. Now you'll see your star"), il tutto aperto e chiuso da deliri di onnipotenza dittatoriale (la folla esultante) alla Foetus.
Peccato solo per l'unico grosso difetto, ovvero l'eccessiva derivatività della proposta musicale: decisamente troppo spesso sembra di sentire le band di Jourgensen, Thirwell e Reznor.

Ironicamente, Antichrist Superstar rende Manson un vero "Antichrist Superstar": i media lo scoprono, i critici ne parlano, i suoi osceni concerti causano problemi di ordine pubblico, e i fan si decuplicano; Manson diventa un caso internazionale, e viene condannato da ogni moralista del mondo come un serio pericolo per il modo in cui "travia" le giovani generazioni. La formula dello shock-rock alla Alice Cooper è stata evidentemente aggiornata nel miglior modo possibile, e lo scandalo (con gran divertimento di Manson stesso) è servito.